Eine FMEA Analyse kann auf sehr unterschiedliche Weise durchgeführt werden. Man unterscheidet unter anderem in Funktions- und Strukturanalyse.

Die Strukturanalyse eignet sich besonders gut, wenn ein höchst komplexes System vorliegt, da sie das gesamte System untersucht und es als Baumdiagramm visualisiert. Wird zunächst nur die oberste Schicht betrachtet, arbeitet man sich Schritt für Schritt tiefer in das System und lässt dabei keine Schicht aus. Dass dieser Vorgang seine Zeit braucht, ist logisch, aber auch gerechtfertigt, da die Methode sehr effizient ist. Besonders bei größeren Projekten lohnt sich dieser Aufwand. Erkennt man hier frühzeitig Schwachstellen, kann man diese noch kostengünstig beseitigen und spart enorme Folgekosten, die ein Fehler verursachen könnte.

Bei der Funktionsanalyse analysiert man wesentliche Teilaspekte. Man achtet darauf, dass jedes Teil mit seinen umliegenden optimal agiert und das die einzelnen Produktionsschritte genau ineinander greifen. Je mehr Schritte es in einem System gibt, desto breiter wird hierbei die Untersuchung. Als erstes wird jedoch immer erst eine sogenannte Grundanalyse vorgenommen, mit dessen Hilfe beurteilt wird, wie weit man in die einzelnen Produktionsprozesse eindringt. Die so gewonnenen Ergebnisse bilden eine Funktionsstruktur, anhand der man die Wirtschaftlichkeit der weiteren Fehleruntersuchung erkennen kann. Die Darstellung hierbei erfolgt nicht in Baumdiagrammen, wie es bei der Strukturanalyse der Fall wäre, sondern in Funktionsbäumen, -netzen oder -listen.